Les composés organofluorés, notamment les PFAS, sont connus pour leur extrême difficulté de décomposition. Leur traitement sur différents sites, tels que les eaux usées, les liquides issus des procédés de nettoyage et les eaux concentrées, représente un véritable défi. La complexité du traitement réside dans la multiplicité des substances cibles et dans la grande variabilité des paramètres, notamment la concentration, la qualité de l'eau, la présence d'autres composants et le débit. Par conséquent, même en adoptant une approche « compatible avec les PFAS », la conception du traitement nécessaire différera d'un site à l'autre.

Les méthodes actuelles de traitement des PFAS comprennent le recours fréquent à des techniques telles que l'adsorption et la séparation membranaire pour récupérer, séparer et concentrer les substances cibles. Bien que ces mesures soient importantes, elles consistent souvent en des procédés de « collecte et de transfert » plutôt qu'en « élimination » des PFAS, et des problèmes subsistent quant à l'élimination finale des adsorbants usagés et des liquides concentrés. En d'autres termes, en pratique, des difficultés surviennent souvent sur site : « même s'il est possible de les séparer initialement, il est difficile de concevoir un système intégré pour leur traitement ultérieur ».